In tutta l’area del bosco si sviluppa una rete dei sentieri, che mette in comunicazione i punti caratteristici dell’azienda sia dal punto di vista naturalistico, (i querceti, lo stagno, l’arboreto), che funzionale (il casale Cerreto, il casale della Torre Colombaia, il villaggio di caccia, i bivacchi).

Percorrendo alcuni dei sentieri ci si potrà camminare tra gli alberi nel cuore del bosco osservando gli animali che lo popolano e le piante che lo costituiscono.
I vari sentieri passano per i punti di interesse del Museo Diffuso Naturalistico e si possono scegliere i diversi itinerari da percorrere, dal Percorso Naturalistico al Percorso Sonoro Naturalistico.

All’ingresso all’azienda c’è una bacheca con i dati generali dell’Azienda Torre Colombaia e le norme per una visita più attenta e rispettosa dell’ambiente.
Il casale Cerreto e l’adiacente struttura dell’ex fienile costituiscono il centro del Museo Diffuso Naturalistico. All’esterno è collocata una bacheca con la mappa aziendale e le indicazioni dei percorsi naturalistici e dei pannelli didattici introduttivi.
Dal casale Cerreto parte il Percorso Didattico Naturalistico, un itinerario ad anello che collega i punti più significativi del sistema naturalistico: lo stagno, la Roverella (antica quercia secolare) e l’Arboreto.
IL BOSCO di Torre Colombaia preserva ambienti di straordinario interesse naturalistico, i quali costituiscono le ultime formazioni forestali di pianura e di bassa collina ancora presenti nel cuore antropizzato dell’Umbria. Questa macchia di verde conserva ancora caratteristiche ambientali non ancora pesantemente alterate dalle attività umane. È uno spazio di biodiversità, un territorio di grande ricchezza biologica che necessiterebbe sempre più corrette forme di tutela in grado di garantirne una concreta conservazione come unica testimonianza degli antichi ambienti forestali che un tempo, molto lontano, prima di venire quasi totalmente distrutti a vantaggio delle colture agrarie e degli insediamenti umani, ammantavano gran parte delle pianure umbre solcate dal Tevere e dai suoi affluenti.
È un bosco che preserva la propria naturalità con le sue specie arboree di diversa età, dai maestosi colossi vegetali ultrasecolari alle piccole e giovanissime plantule, alte anche solo pochissimi centimetri.
Tutto questo insieme di diversità rappresenta un elevatissimo pregio ecologico, rendendo l’aspetto del bosco apparentemente caotico, irregolare, totalmente diverso da quei boschi pesantemente plasmati dalle attività umane, caratterizzati da formazioni coetanee, con una stessa altezza, aspetto uniforme, regolare e ordinato.
Il bosco di Torre Colombaia, inoltre, grazie a forme di gestione piuttosto attente alla tutela della biodiversità, ha una notevole quantità di piante naturalmente decedute, indispensabili per il mantenimento dei delicati equilibri ecologici forestali. I tronchi caduti, le parti legnose e le foglie, sono elementi fondamentali nell’ecologia silvestre, sono risorse alimentari per una moltitudine di organismi decompositori che, facilitando e accellerando la decomposizione del materiale organico vegetale, garantiscono un continuo arricchimento dei componenti minerali del terreno, necessari allo sviluppo dell’intero ecosistema boschivo.

Infine la presenza delle siepi ha una grande importanza ecologica poiché offrono non solo rifugio e alimento a numerose specie animali ma creano delle vere e proprie fasce di transizione tra i boschi e i campi.